独自のノウハウにより、入居者がいる古いアパートや借地・底地、再建築不可物件など、他の不動産会社では取り扱いづらい「お困り物件」を解決に導いてきた、不動産・用地開発のスペシャリスト・株式会社エスエイアシストがお届けする「お困り物件コラム」。今回は空き家売却に関して解説します。空き家を売却すると、売却益に応じて「譲渡所得税」が発生します。しかし、空き家の売却には強力な特例が用意されており、条件を満たせば税金がゼロになるケースも珍しくありません。本記事では、空き家売却にかかる税金の仕組み、計算方法、3,000万円特別控除の要を体系的に解説します。
空き家を売却して利益が出た場合、その利益（＝譲渡所得）に対して税金が課されます。譲渡所得税は「所得税」「住民税」「復興特別所得税」の合計で構成され、売却金額そのものではなく、売却で得た純粋な利益に対して課税されます。譲渡所得の計算式は次のとおりです。
譲渡所得 ＝ 売却価格-取得費-譲渡費用
・取得費とは購入代金や登記費用などの合計額で、古い空き家の場合は領収書が残っていないことも多く、その場合は売却価格の5％を概算取得費として計算可能で、譲渡費用には仲介手数料、測量費、解体費用などが含まれます。
譲渡所得にかかる税率は、空き家をどれくらいの期間所有していたかで変わります。
・短期譲渡所得（所有期間5年以下）
所有期間が5年以下の場合の税率は約39.63％ （所得税30％＋復興特別所得税0.63％＋住民税9％）になります。
・長期譲渡所得（所有期間5年超）
少輔機関が5年を超える場合の税率は約20.315％ （所得税15％＋復興特別所得税0.315％＋住民税5％）になります。
相続した空き家の多くは所有期間が長いため、長期譲渡所得の税率が適用されるケースが一般的です。
空き家売却で最も重要なのが、被相続人の居住用財産（空き家）に係る譲渡所得の特別控除です。条件を満たせば、譲渡所得から最大3,000万円を控除できます。
控除額：最大3,000万円（相続人が3人以上の場合は2,000万円）
主な適用条件は以下の通りとなります。
・昭和56年5月31日以前に建築された旧耐震の家屋であること
・相続開始直前まで被相続人が単独で居住していたこと
・相続開始から 3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却すること
・売却価格が 1億円以下
・耐震リフォームを行うか、家屋を解体して更地にして売却すること
この特例は非常に強力で、譲渡所得が3,000万円以下であれば税金がゼロになります。
例として、相続した空き家を2,000万円で売却したケースを考えます。
・売却価格：2,000万円
・取得費（概算5％）：100万円
・譲渡費用（仲介手数料など）：80万円
譲渡所得＝2,000万円-100万円-80万円＝1,820万円
この1,820万円に対して、空き家特例（3,000万円控除）を適用すると、課税所得がゼロになるため当然、税金もゼロになります。 特例の有無で税額が大きく変わるため、必ず適用可否を確認する必要があります。
「自分が住んでいた家」を売る場合にも3,000万円特別控除がありますが、空き家特例とは別制度です。 空き家として長期間放置されていた場合は、マイホーム特例の対象外となることが多いため、どちらの特例が使えるか慎重な判定が必要です。
空き家特例の適用条件を満たすために耐震リフォームを行った場合、工事費の10％（上限25万円）が控除される制度もあります。
・工事費100万円以上
・売買契約の前年1月1日〜当年12月31日に工事完了
・耐震基準適合証明書などの提出
これらの適用条件を満たすことで呼応慈悲が免除されることもあるので、解体か耐震リフォームかは、費用と売却価格のバランスで判断するのがポイントです。
空き家売却で税負担を最小化するには、次の3ステップが重要です。
1.控除の適用可否を確認する
2.譲渡所得を正確に計算する
3.必要書類を揃えて確定申告する
特例の条件は細かく、誤った判断をすると控除が使えなくなる可能性があります。相続した空き家を売却する際は、専門の不動産会社や税理士へ相談することをおすすめします。
空き家売却にかかる税金は、譲渡所得の計算と特例の適用可否で大きく変わります。特に、3,000万円特別控除は税金ゼロも可能な強力な制度です。相続した空き家を売却する際は、売却時期・耐震性・解体の有無など、条件を丁寧に確認することが重要です。私たちエスエイアシストは、入居者がいる古いアパートや借地・底地、再建築不可物件など、扱いが難しい「お困り物件」のご相談を数多くサポートしてきました。「どこに相談すればいいか分からない」「家族に迷惑をかけたくない」と感じている方こそ、ひとりで抱え込まず、まずは現状をお聞かせください。お客様の状況やご希望を踏まえ、無理のない出口プランを一緒に考えます。お困りの物件でお悩みの方は、ぜひエスエイアシストまでご相談ください。
弊社は「ピタットハウス浦和西口店・恵比寿店」としての営業を2026年7月をもって終了し、
「【エスエイアシスト本店（浦和）／東京支店（池袋）】」としてリニューアル営業しております。
過去のブログ内に旧店舗名の表記が残っている箇所がございますが、スタッフや運営会社等に変更はございません。
これまで以上に皆様のニーズに寄り添ったお部屋探し・不動産サポートに努めてまいります。
